Calqué sur la situation de l'Afghanistan en 2001, le refus du nouveau gouvernement radical de fermer les organisations terroristes majeures force l'OTAN à intervenir.

L'action principale du jeu se centre sur les actions de l'US Stryker Brigade Combat Teams (SBCT) et de la Heavy Brigade Combat Teams (HBCT) contre l'infanterie syrienne, unités motorisées et blindés.

Combat Mission propose aussi des forces moins conventionnelles telles que les terroristes, les espions, les bombes humaines et autres outils mortels employés dans les guerres modernes.

En adéquation avec les engagements Rouge contre Bleu typique de la majeure partie des WarGames, Combat Mission permettra aussi de jouer Rouge contre Rouge (Syrie contre Syrie) et Bleu contre Bleu (OTAN contre OTAN).